Laboratorium RSJMM, Lab RS Pertama Yang Mampu Mendeteksi Varian Omicron di Kota Bogor
Berawal dari Kota Wuhan, Provinsi Hubei, Cina di penghujung tahun 2019, coronavirus jenis baru yaitu Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) teridentifikasi kemudian menyebar ke berbagai negara dalam waktu singkat. Termasuk Indonesia yang melaporkan kasus pertama pada tanggal 2 Maret 2020. Hingga pada tanggal 11 Maret 2020, WHO menetapkan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) sebagai pandemi. Gejala umum COVID-19 berupa demam 38, batuk kering, dan sesak napas. Gejala lainnya dapat berupa kelelahan, nyeri otot, sakit kepala, diare, mual, muntah, tidak mampu mencium bau, serta lidah tidak mampu merasakan makanan.
Virus Corona adalah tipe virus RNA (Ribonucleic Acid) yang secara alami mudah mengalami mutasi untuk bertahan hidup, sehingga memunculkan varian baru. COVID-19 varian Omicron B.1.1.529 saat ini tengah menyita perhatian masyarakat dunia. WHO menetapkan varian ini sebagai Variant of Concern (VOC), artinya adalah varian ini masuk dalam daftar perhatian WHO lantaran memiliki tingkat penularan cukup tinggi, virulensi yang tinggi, dan menurunkan efektivitas diagnostik serta vaksin. Beberapa varian lain yang masuk dalam kategori VOC, antara lain varian Alpha, Beta, Gamma, dan Delta. Sementara itu, terdapat beberapa varian lainnya yang masuk dalam kategori Variant of Interest (VOI) contohnya adalah varian MU dan Kappa.
Guna mengendalikan penyebaran COVID-19 di tanah air, pemerintah gencar melakukan pemeriksaan diagnostik COVID-19 secara masif menggunakan Gold Standart yaitu Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Hal ini mengacu pada ketentuan WHO yang telah menetapkan standar jumlah tes RT-PCR adalah 1.000 orang per 1 juta penduduk per minggu. Oleh karena itu, peran laboratorium di masa pandemi ini sangat penting, tak terkecuali di RSJ dr. H. Marzoeki Mahdi.
Pemeriksaan laboratorium untuk diagnostik COVID-19 di RSJ MM antara lain antibodi dan antigen serta RT-PCR SARS-CoV-2. Pemeriksaan RT-PCR SARS-CoV-2 pada pasien di IGD digunakan sebagai skrining untuk menentukan jenis ruang perawatan. Jadwal pemeriksaan dilakukan setiap hari (7x24 jam) sebanyak 2 kali sehari yaitu pada pukul 11 pagi dan pukul 18.00 sore. Sejak awal pandemi, laboratorium RSJ MM telah melakukan pemeriksaan RT-PCR baik menggunakan alat konvensional maupun tes cepat molekuler. Hasil pemeriksaan pun sudah terafiliasi dengan New All Record (NAR) Kemenkes yang hasilnya dapat diakses di aplikasi Peduli Lindungi. Untuk kualitas hasil pemeriksaan tidak perlu diragukan lagi karena laboratorium RSJ MM telah mengikuti Pemantapan Mutu Eksternal (PME) RT-PCR COVID-19 yang diselenggarakan oleh Balitbangkes dengan hasil memuaskan.
Varian SARS-CoV-2 Omicron mulai menjadi varian dominan di Indonesia. Menghadapi fenomena COVID-19 yang terjadi saat ini, Kementerian Kesehatan berupaya meningkatkan pelaksanaan deteksi dini kemunculan varian baru virus SARS-CoV-2. Laboratorium RSJ MM merupakan salah satu penerima kit SGTF dari Kemenkes dengan merek dagang mBiofarma sebanyak 3 kit (@ 50 tes). Laboratorium RSJ MM menjadi laboratorium RS pertama yang dapat mendeteksi varian omicron di Kota Bogor. Pendeteksian varian omicron ini ditujukan untuk pasien COVID-19 yang sedang dirawat dengan kondisi perburukan.
Karakteristik varian Omicron ini adalah terdapat posisi mutasi khas yaitu delesi asam amino gen S posisi 69/70. Posisi mutasi tersebut bisa dikenali dengan gagalnya deteksi dengan metode PCR atau dengan kata lain salah satu (gen S) dari tiga gen target tidak terdeteksi. Kondisi tersebut dikenali dengan istilah SGTF (S-Gene-Target-Failure) yang kemudian digunakan oleh WHO sebagai panduan skrining varian/mutasi. Metode SGTF dapat mendeteksi varian genetika lebih cepat (4-6 jam setelah pengambilan sampel) jika dibandingkan dengan Whole Genome Sequencing (WGS) yang membutuhkan waktu paling cepat 3-5 hari. Tetapi hanya varian yang sudah diketahui atau varian tertentu seperti Omicron.
Teknik pemeriksaan menggunakan metode SGTF, sejauh ini hanya menentukan status probable dan belum terkonfirmasi positif, sehingga harus divalidasi kembali menggunakan pemeriksaan WGS. Namun demikian, setidaknya kasus probable Omicron tersebut telah dipantau dan dikarantina. WGS dapat mengidentifikasi semua mutasi/varian, bahkan yang belum diketahui sebelumnya. WGS merupakan proses menentukan urutan DNA lengkap dari genom SARS-CoV2 (±30.000 bp) dengan menggunakan teknologi Next-Generation-Sequencing. Selain digunakan untuk mengidentifikasi varian, WGS dapat pula dimanfaatkan untuk keperluan lain seperti pengembangan vaksin, diagnostik, dan menentukan pola transmisi serta kekerabatan.
RSJ MM tidak hanya memberikan pelayanan kesehatan jiwa namun juga non jiwa. Sebab itu pelayanan laboratorium untuk sekelas rumah sakit jiwa terbilang mumpuni. Salah satunya adalah tersedianya BSL-2 (Biosafety Level 2) untuk pemeriksaan RT-PCR dan Mikrobiologi. Namun ternyata ada stigma masyarakat yang lebih senang berobat ke rumah sakit umum (RSU) daripada ke rumah sakit jiwa (RSJ) bahkan untuk masalah kesehatan jiwa. Hal ini dikarenakan masyarakat menganggap RSJ lebih buruk dibandingkan RSU. "Coba kalau ditanya abis dari mana sama tetangga, 'ini abis nganter ke RSUD (rumah sakit umum daerah -red)'. Bandingkan kalau jawab 'ini abis nganter ke RSJ' bisa ditanya-tanya lebih lagi nanti," kata Sunjaya (dikutip dari health.detik.com).
Belum lama ini RSJ MM ditetapkan sebagai Pusat Kesehatan Jiwa Nasional (PKJN) dimana RSJMM memiliki tugas untuk memberikan pelayanan kesehatan jiwa yang komprehensif (promotif, preventif, kuratif, dan rehabilitatif) yang terintegrasi dengan layanan di komunitas, layanan spesialis dan subspesialis psikiatri lengkap dan layanan nonpsikiatri sebagai pendukung layanan kesehatan jiwa, melakukan pengampuan jejaring rujukan kesehatan jiwa, dan sebagai rumah sakit rujukan nasional di bidang kesehatan jiwa.
Dengan tersedianya sarana prasarana yang memadai, Instalasi Laboratorium RSJ MM siap jadi bagian dari Pusat Kesehatan Jiwa Nasional !
Daftar Pustaka
https://www.litbang.kemkes.go.id/mengenal-cara-deteksi-varian-sars-cov-2-dengan-wgs-dan-pcr-sgtf/
https://sehatnegeriku.kemkes.go.id/baca/umum/20210305/0737135/mutasi-virus-corona-lebih-cepat-menular-masyarakat-dihimbau-perketat-disiplin-protokol-kesehatan/
