Direktorat Jenderal Pelayanan Kesehatan merupakan unit kerja setingkat eselon satu yang menjalankan sebagian tugas pokok dan fungsi dari Kementerian Kesehatan. Susunan organisasi Direktorat Jenderal Pelayanan Kesehatan terdiri atas:

1. Sekretariat Direktorat Jenderal Pelayanan Kesehatan, meliputi:
   1. a. Sub Bagian Administrasi Umum
   2. b. Tim Kerja Perencanaan Program, Evaluasi dan Pelaporan
   3. c. Tim Kerja Perencanaan Anggaran
   4. d. Tim Kerja Pengelolaan Anggaran dan Sistem Pengendali Intern Pemerintah
   5. e. Tim Kerja Akuntansi dan BMN
   6. f. Tim Kerja Monitoring Pinjaman Luar Negeri
   7. g. Tim Kerja Hukum
   8. h. Tim Kerja Organisasi dan SDM
   9. i. Tim Kerja Informasi dan Humas


2. Direktorat Pelayanan Kesehatan Primer, meliputi:
   1. a. Sub Bagian Administrasi Umum
   2. b. Tim Kerja Perizinan dan Registrasi Fasilitas Pelayanan Kesehatan Primer
   3. c. Tim Kerja Transformasi Pelayanan Kesehatan di Fasilitas Pelayanan Kesehatan Primer
   4. d. Tim Kerja Standarisasi Klinis Pelayanan Kesehatan Primer
   5. e. Tim Kerja Pelayanan Kesehatan Primer Lain dan Jaminan Kesehatan


3. Direktorat Pelayanan Kesehatan Rujukan meliputi:
   1. a. Sub Bagian Administrasi Umum
   2. b. Tim Kerja Standarisasi Klinis Pelayanan Kesehatan Rujukan
   3. c. Tim Kerja Perizinan dan Pengembangan Pelayanan Kesehatan Rujukan
   4. d. Tim Kerja Transformasi Pelayanan Kesehatan Rujukan
   5. e. Tim Kerja Pembiayaaan Kesehatan dan Jaminan Kesehatan
   6. f. Tim Kerja Pelayanan Kesehatan Rujukan Lain


4. Direktorat Tata Kelola Pelayanan Kesehatan, meliputi:
   1. a. Sub Bagian Administrasi Umum
   2. b. Tim Kerja Tata Kelola Sistem Rujukan
   3. c. Tim Kerja Pengelolaan Wahana Pendidikan dan RS Pendidikan
   4. d. Tim Kerja Pengelolaan Kerja Sama Pelayanan Kesehatan
   5. e. Tim Kerja Pengelolaan BLU


5. Direktorat Fasilitas Pelayanan Kesehatan, meliputi:
   1. a. Sub Bagian Administrasi Umum
   2. b. Tim Kerja Sarana Prasarana Fasilitas Pelayanan Kesehatan Primer
   3. c. Tim Kerja Sarana Prasarana Fasilitas Pelayanan Kesehatan Rujukan
   4. d. Tim Kerja Sarana Prasarana Fasilitas Pelayanan Kesehatan lainnya
   5. e. Tim Kerja Standar Alat Kesehatan di Fasilitas Pelayanan Kesehatan
   6. f. Tim Kerja Pengujian dan Kalibrasi


6. Direktorat Mutu Pelayanan Kesehatan, meliputi:
   1. a. Sub Bagian Administrasi Umum
   2. b. Tim Kerja Mutu Pelayanan Kesehatan Primer
   3. c. Tim Kerja Mutu Pelayanan Kesehatan Rujukan
   5. d. Tim Kerja Mutu Pelayanan Kesehatan Lainnya