Metode Deteksi dan Identifikasi Varian SARS-COV-2

Virus SARS-CoV-2 berevolusi terus-menerus sehingga terjadi perubahan kode genetik (mutasi genetik). Varian virus mempunyai satu atau lebih mutasi yang membedakan varian tersebut dari varian yang lain. Sesuai prediksi, telah muncul berbagai jenis varian SARS COV2 selama pandemi ini. Varian Omicron, ditetapkan sebagai “Variant of Concern (VOC)” oleh Badan Kesehatan Dunia. Varian ini termasuk dalam Pango lineage B.1.1.529, Nextstrain clade 21K, dengan karakteristik berupa perubahan 30 asam amino, 3 delesi dan 1 insersi pada protein spike dibandingkan dengan virus awal. Hampir semua tes diagnostik yang telah digunakan untuk mendiagnosis COVID-19 selama ini tidak terpengaruh oleh varian ini sehingga masih terus dapat digunakan untuk mendeteksi adanya infeksi oleh virus SARS-COV-2.

Identifikasi varian

Whole Genome Sequencing (WGS) merupakan baku emas untuk mengkonfirmasi infeksi oleh varian spesifik. Metode alternatif lain telah banyak dikembangkan untuk deteksi dini identifikasi varian tertentu menggunakan pemeriksaan dengan metode berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR).

Sekuensing

Whole genome sequencing merupakan metode pemeriksaan yang digunakan untuk melihat karakteristik virus secara genetik. Seluruh genom atau paling tidak seluruh atau sebagian gen-S harus disekuensing untuk identifikasi varian spesifik. Metode ini membutuhkan sumber daya tinggi baik dari segi alat (teknologi) maupun manusia dan membutuhkan waktu pemeriksaan yang lama (4-7 hari), tergantung protokol yang digunakan. Selain itu, dapat terjadi kegagalan pemeriksaan apabila kadar virus terlalu rendah.

S-gene drop out atau target failure (SGTF)

Badan Kesehatan Dunia, FDA, CDC, European Centers for Disease Control dan Kementerian Kesehatan RI telah melaporkan penggunaan SGTF sebagai metode yang dapat digunakan untuk membantu mengindentifikasi varian Omicron. Varian Omicron (B.1.1529) menghasilkan hasil negatif atau positif lemah pada gen target S pada pemeriksaan multiplex RT-PCR, dengan hasil positif pada gen target yang lain. Fenomena inilah yang disebut sebagai SGTF. Hal ini terjadi karena delesi pada posisi spike 69-70. Perlu menjadi perhatian adalah tidak semua reagen RT-PCR dengan gen target S menghasilkan fenomena SGTF dan SGTF tidak hanya dimiliki oleh varian omicron (terdapat pula pada varian lain – varian alfa).

RT-PCR dengan Single nucleotide polymorphism (SNP)

Deteksi dini VOC spesifik dapat dilakukan menggunakan metode RT-PCR dengan gen target SNP untuk mendeteksi mutasi tertentu misal spike N501Y dan HV69-70del (ditemukan pada Varian alfa dan Omicron). Metode ini membutuhkan waktu singkat (1-2 Jam).¹

Referensi

1.    ECDC, WHO. Methods for the detection and identification of SARS.WHO. 2021; (Tecnical                   report):https://www.who.int/publications/i/item/diagnostic.

2.    WHO/SEARO. Technical Brief?: Enhancing Readiness for Omicron in the WHO Asia Region.                 2021:1-8.

3.    ECDC, WHO. Methods for the detection and characterisation of SARS-CoV-2 variants – first m           update. 2021;(December).

4.    CDC. Science Brief: Omicron (B.1.1.529) Variant. CDC COVID-19 Sci Briefs. 2020;(CDC).                   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/34932278.